Первый метод - самый плохой
Можно "откатиться" к методам, которые использует xmodmap.
Для этого в раскладке клавиатуры Cyrillic коды надо заменить на однобайтные коды koi8-r (раскладку можно взять здесь). При этом "неправильные" программы начнут их воспринимать, принимая за "западноевропейские" символы.
А чтобы "правильные" программы их не "давили", нужно "испортить" XLC_LOCALE
для koi8. Для этого достаточно "закомментарить" (или вообще выкинуть) строчку с encoding_name в файле koi8-r/XLC_LOCALE.
Этот метод будет работать почти со всеми приложениями. Даже со "статически слинкованными бинарниками". Хотя могут возникнуть проблемы с некоторыми мультиязыковыми программами. Но он же, как я уже сказал - самый плохой. По сути, это "возврат к старому". Ради нескольких старых "глупых" программ, придется обманывать все новые "правильные" программы.